平安時代に書かれた延喜式神名帳に記載されている大国主西神社と同一とも考えられていますが、元阿弥陀堂という仏堂であったのを享保20年（1735）に2神が勧請され神社としたと伝わっています。

明治7年には延喜式内に記載された大国主西神社に該当または縁あるものとして、西宮神社とともに県社として指定されましたが、戦後は社格を持たぬ西宮神社の境内神社とされています。

大己貴命は大国主神の異称で少彦名命とともに国土造成や農耕・医療を始めたとされ、諸業繁栄・縁結びの神として信仰されています。